Oton Mlakar je leta 1989 diplomiral na Tehniški fakulteti v Mariboru VTO Računalništvo in informatika in si pridobil naziv univerzitetni diplomirani inženir elektrotehnike. Leta 2005 je zaključil magistrski študij na Fakulteti za strojništvo v Mariboru, kjer je zagovarjal magistrsko delo z naslovom Model gospodarjenja z bolnišničnimi odpadki, pod mentorstvom dr. Nika Samca in si pridobil naslov magister znanosti.

Od leta 1987 do 1999 je bil zaposlen na Šolskem centru Ptuj in je poučeval strokovne predmete s področja elektrotehnike, računalništva in informatike. Od leta 1991 je sodeloval z Zavodom RS za šolstvo. V obdobju od leta 1991 do 1998 je na področju informatike sodeloval z Andragoškim zavodom Maribor, Agencijo za plačilni promet na Ptuju, Splošno bolnišnico dr. Jožeta Potrča Ptuj in Ptujskim dijaškim domom, kjer je programiral določene aplikacije za njihove potrebe. Od leta 1999 do 2002 je bil zaposlen na Ministrstvu za finance – Davčna uprava RS – DU Ptuj, kot vodja oddelka za informatiko, kasneje tudi vodja oddelka v Ljubljani. Prav tako je sodeloval z Nakvisom, kot zunanji strokovnjak za izvedbo zunanjih evalvacij. Od leta 2011 do 2017 je bil zaposlen na Prometni šoli Maribor kot direktor in hkrati ravnatelj Višje strokovne šole, kjer je med drugim opravljal tudi pedagoška dela. Od leta 2017 je zaposlen kot direktor Šolskega centra Ptuj.

Mag. Oton Mlakar je nosilec predmeta Informacijsko komunikacijske tehnologije.